En los últimos años del gobierno español en Puerto Rico, las organizaciones promotoras de la actividad cultural eran limitadas y el número de escuelas era escazo. La educación formal más adelantada se concentraba en la Capital, en el Instituto Civil de Segunda Enseñanza, reabierto en 1880, y en el Seminario Conciliar de San Ildefonso. Mientras que en ciudades principales, se reunían, ante la mirilla de la censura, entidades culturales como el Gabinete de Lectura de Ponce y el Ateneo de Mayagüez, entre otras.

Desde sus inicios, el Ateneo Puertorriqueño aspiró a fomentar la divulgación del conocimiento científico, artístico y literario para todo el País. La prohibición expresa de abordar temas políticos se modificó a partir de sus estatutos de 1885. Las aportaciones del Ateneo Puertorriqueño en alrededor de siglo y medio de funcionamiento son múltiples. Entre ellas se encuentra haber sido sede del primer centro universitario en Puerto Rico con la creación de la Institución de Enseñanza Superior, que funcionó del 1888 al 1898. En un plan de estudios estructurado por profesores puertorriqueños y de la Universidad de La Habana, los estudiantes tomaban las clases en el Ateneo y una vez al año los profesores de la universidad cubana venían al País a impartir los exámenes de grado.

La lucha de las mujeres por superar su condición de excluidas en la historia puertorriqueña también encontró un espacio de aceptación en el Ateneo Puertorriqueño desde fines del siglo XIX. A partir de 1900 hay constancia de que formaron parte de su matrícula de socios. Igualmente han ejercido la Presidencia de la Institución por varias décadas.  

En el Ateneo Puertorriqueño las campañas educativas de la ciudadanía en general han sido una prioridad permanente. Por mencionar solo unos pocos ejemplos merecen recordarse sus esfuerzos por la alfabetización del País en la década de 1920, sus estudios lingüísticos sobre el español de Puerto Rico en la década de 1980 y más recientemente, su solidaridad para la salida de la Marina de Estados Unidos de la isla-municipio de Vieques, en el 2003. Asimismo, mención aparte merece el impulso extraordinario en el pasado como en la actualidad al fomento de la dramaturgia y la escenificación de obras teatrales sobre temas clásicos y los más vigentes de la realidad nacional.